În prima jumătate a secolului al XVIII-lea, la câteva decenii după fondarea Marii Loji din Londra și Westminster (24 iunie 1717), se vor înființa primele Loji masonice în provinciile istorice românești. Cea dintâi a fost Loja Augustia din Orientul Iași, fondată la 30 august 1742, o Lojă care prezintă o importanță aparte în privința structurii și a membrilor săi. În același secol, în Transilvania sunt atestate documentar Lojile Zu den drei Säulen la Brașov (1749) și St. Andreas zu den drei Seeblättern la Sibiu (1767). Atrase de principiile și obiectivele sale, au fost inițiate în Francmasonerie mari personalități ale vieții culturale, științifice, militare și politice, atât în Lojile din țară cât și în cele din străinătate: Nicolae Bălcescu, I.T. Ulic, Vasile Alecsandri, Samuel von Brukenthal, Simion Bărnuțiu, Ion Ghica, Mihail Sadoveanu și mulți alții.
Dobândirea independenței de stat a României în 1877, a impulsionat acțiunile în plan masonic pentru fondarea unei mari Obediențe suverane în România, deoarece în țară funcționa un mare număr de loji aflate sub Obediența Marelui Orient al Franței, al Marelui Orient Lusitan sau al Marelui Orient al Italiei. O primă încercare s-a făcut la 1 iunie 1859, prin fondarea „Marii Loji Steaua Dunării”, Ion C. Brătianu devenind Mare Maestru. Al doilea pas a fost făcut la 7 mai 1879, la inițiativa colonelului Anton Costiescu, fost Maestru Venerabil al Lojii Înțelepții din Heliopolis. La 1 mai 1879, a promulgat „Constituția Masonică Română”, pentru a constitui Marele Orient al României ca „Putere Suverană națională şi independentă”. Mare Maestru a fost numit Theodor Rosetti. Marele Orient a avut o viață scurtă (7 mai 1879 – 15 decembrie 1880).
Fondarea Marii Loji Naționale Române a avut loc la 8/20 septembrie 1880. Căpitanul Constantin Moroiu a fost ales Mare Maestru. A fost adoptată o singură Constituție pentru întregul Ordin Masonic Român, publicată la București în 1881. Marea Lojă Națională Română își afirma statutul de masonerie deistă și regulară, fiind unică putere masonică ce avea ca arie de jurisdicție întreg teritoriul Vechiului Regat al României și se punea „sub scutul și protecția Guvernului român și a legilor țării”.
Francmasonii și-a adus un aport major în revoluția de la 1848-49, la obținerea independenței de stat a României, la realizarea unității naționale în 1918: Mihail Kogălniceanu, Ion C. Brătianu, C.A. Rosetti, maiorul George Șonțu, căpitanul Constantin Moroiu, generalul dr. Carol Davila, generalul Traian Moșoiu și mulți alții. Ei au susținut interesele României la Conferința de pace de la Paris (1919-1920) prin oameni de stat precum Octavian Goga, Alexandru Vaida Voevod, Traian Vuia, Ion Lugoșianu și Caius Brediceanu.
La 20 decembrie 1937, regele Carol al II-lea dispunea închiderea Lojilor masonice, interzicând Francmasoneria în Regatul României. Marea Lojă Națională din România va parcurge o perioadă grea, dar va renaște pentru o scurtă perioadă după 1944. Înțelegerea lui Mihail Noradunghian cu conducerea comunistă pentru a menține masoneria română activă, a fost iluzorie. Francmasoneria s-a dovedit a rămâne un pericol real pentru comuniști, astfel că la 18 iunie 1948, Marele Secretariat al Marii Loji Naționale din România a primit o Circulară a Ministerului de Interne, care cerea „închiderea provizorie a lojilor pentru a permite membrilor să-și îndeplinească obligațiile lor cetățenești” în cadrul brigăzilor de muncă de folos obștesc (!) În acest context, în iunie 1948 se lua hotărârea de intrare în adormire a Marii Loji Naționale din România. Apoi, în mai 1950, în cunoscuta „noapte a demnitarilor”, au fost arestați peste 1000 de francmasoni. Arestările au continuat și în anul 1951. O parte au reușit să plece în exil și să continue activitatea masonică, dar mulți au fost executați sau au murit în închisorile comuniste după simulacrul de judecată din anul 1953, denumit ulterior „procesul francmasonilor” sau „procesul Bellu”.
Odată cu căderea comunismului, Marea Lojă Națională din România și-a reaprins Luminile la Conventul din 24 ianuarie 1993, ținut în sala Oglinzilor din Casa Vernescu, cel dintâi Mare Maestru fiind ales Prea Respectabilul Frate Nicolae Filip. Adrian Dohotaru, Sever Frențiu, Vladimir Boantă, Gheorghe Comănescu, Marcel Schapira, Eugen Ovidiu Chirovici, sunt nume care au intrat în istoria Marii Loji Naționale din România.
Secolul al XVIII-lea, care consemnează consacrarea formală a masoneriei speculative, este și cel în care putem focaliza primele apartenențe românești la francmasonerie și fondarea primelor Loji. Francmasoneria română are o istorie îndelungată, începuturile ei urmând, la aproape trei decenii, înființarea primei Mari Loji din Londra și Westminster (24 iunie 1717). Ducele Carol-Filip de Luynes, în „Memorii”, consemna anul 1737 ca dată ce atestă debutul Francmasoneiei în Principate, iar Jean Baptiste Marie Ragon avansa ca dată anii 1740. Cert este că între 1740-1743 sunt consemnați patru venerabili ai Lojei din Iași, oraș în care la 1742 se constituia Loja ”Augustina”.
Deși există o serie de date ce nu pot fi verificate din mai multe surse cu privire la apariția primelor Loji masonice în Principate, și care ridică încă semne de întrebare cu privire la data înființării, ne putem raporta informațiilor mai sigure despre o primă Lojă masonică fondată la 30 august 1742 în Orientul Iași: Augustia (Moldova). În același deceniu se înființa la Brașov Loja Zu den drei Säulen (1749), iar după alte două decenii Loja St. Andreas zu den drei Seeblättern, la Sibiu (1767), iar în anul 1782 se înființa prima lojă la Cluj. Loji care au lucrat la început în Ritul Strictei Observanțe Templiere. Există însă un precursor la Iluminismului timpuriu, principele Dimitrie Cantemir, despre care Lucian Blaga presupunea că „s-a folosit pentru întemeierea legăturilor sale cu oameni din Occident și de alte mijloace: nu este tocmai exclus ca asemenea motiv să-l fi îndemnat să se înscrie într-un ordin spiritual secret cum este acela al Roz-Crucienilor care-și aveau, fără îndoială, masoneria lor”.
De la începutul secolului al XVIII-lea se consemnează înmulțirea Lojilor masonice în spațiul românesc, unele dintre acestea lucrând în Ritul de Memphis, așa cum este cazul Lojei Memphis din Orientul Iași (1807), iar în anul 1825, în Orientul București o Lojă cu același nume. Deja din această perioadă în rândul francmasonilor s-au aflat personalități marcante ale istoriei României, între care principele Constantin Mavrocordat, caimacanul Sandu Sturdza, mitropolitul Leon Gheuca, episcopul Gherasim Clipa Barnovschi, Iordake Darie Dărmănescu, Mitiță Filipescu, ș.a. În Lojile din spațiul intracarpatic au fost inițiați și viitorii principi din Moldova și Muntenia, Alexandru Moruzi (la Sibiu) și Alexandru Ipsilanti (la Brașov), precum și personalități ale științei și culturii, între care medicul oculist Ioan Piuariu Molnar.
În prima jumătate a secolului al XIX-lea, activitatea Lojilor masonice din Iași se intensifică. Nu doar boieri, ci și oameni politici, oameni de cultură, primesc Lumina în aceste Loji și sunt aleși în structurile de conducere. Între venerabilii Lojilor din Iași se numără Gheorghe Asachi, vornicul Teodor Balș, iar între membrii îi regăsim pe Christian Flechtenmacher și pe Meletie, episcopul Romanului.
În București, în Loja condusă de doctorul Alcibiade Tavernier își desfășurau activitatea personalități precum maiorul Ion Câmpineanu, Iancu Ruset (venerabil în 1833). Se vor afilia acestei loji patru profesori de la Colegiul „Sf. Sava”, întorși de la studii din străinătate și inițiați în Marele Orient al Italiei, între care profesorul Constantin Moroiu și Eufrosin Poteca. Îmbrățișând ideile romantismului revoluționar, în prima jumătate a secolului al XIX-lea mulți tineri români, studenți la Paris, au fost inițiați în Francmasonerie în Lojile l’Athénée des Étrangers (Lojă republicană fondată de către studenții români Ion Ghica, Gheorghe Golescu și Dumitru Brătianu în capitala Franței, la recomandarea lui Ion Câmpineanu), La Rose du Parfait Silence și Bonne Amitié, între aceștia aflându-se: Nicolae Golescu, Ion Brătianu, Dimitrie Brătianu, Vasile Alecsandri, Mihail Kogălniceanu, Costache Negruzzi, Constantin Negri, Ion Ghica, Christian Tell, Gheorghe Magheru, Grigore Alexandrescu, Ion Câmpineanu și mulți alții.
Reveniți în țară, acești tineri vor fi foarte activi și vor acționa pentru dezvoltarea Francmasoneriei în Principate, apoi în România. Ei sunt romanticii visători, „doritori nebuni”, după cum se exprima Dimitrie Bolintineanu. Destinul lor de militanţi culturali şi politici, este ilustrat de unul dintre cele mai nobile îndemnuri din epocă: „Urmaţi cum aţi început, cel mai frumos titlu de glorie la care un poet trebuie să năzuiască este acela de poet naţional şi popular”. Francmasoneria temerară s-a aflat în avangarda Revoluției europene, însuflețind spiritul și fapta generației pașoptiste, întruchipată de Nicolae Bălcescu, C. A. Rosetti, Alecu Russo, Cezar Bolliac, C. D. Rosenthal, Ion Heliade Rădulescu, frații Golești și de Brătieni.
La 24 septembrie 1856 Auguste Carance fonda la București Loja Steaua Dunării (Etoile de Danube), sub obediența Marelui Orient al Franței, cu patenta nr. 23.540. Câteva nume de Venerabili din această perioadă sunt sugestive pentru viitorul României: Petrache Poenaru (București, 1856), D. Iancu (București, 1857), D. Gusti (Iași, 1858), C. Negruzzi (1850, Iași), Scarlat Roset (1856), Vasile Alecsandri (1857). La 26 septembrie 1859 în loja „Steaua Dunării” era inițiat actorul Matei Millo. La 1 iunie 1859 Loja Steaua Dunării devenea „Marea Lojă Steaua Dunării”. Primul Venerabil al acesteia, considerat Mare Maestru, a fost Ion C. Brătianu. Creșterea fraților cu grade superioare a determinat constituirea Capitulului Steaua Dunării (cu gradele 4-18).
Marea Lojă Steaua Dunării, a manifestat tendința de a ieși de sub obediența Marelui Orient al Franței, mulți dintre militanți având grade înalte: C.A. Roseti – 18:. I. Eliade Rădulescu – 18:. Cesar Boliac – 18-41:. Ion Brătianu – 27:. Constantin Moroiu – 18:. Frații Dimitriu – 18:. În acest context, proclamarea independenței de stat a României în 1877-1878, a impulsionat acțiunile în plan masonic pentru fondarea unei mari Obediențe suverane, deoarece în țară funcționa un mare număr de Loji aflate sub Obediența Marelui Orient al Franței, al Marelui Orient Lusitan sau al Marelui Orient al Italiei. După o primă încercare, prin fondarea „Marii Loji Steaua Dunării”, al doilea pas important a fost făcut la 7 mai 1879, când colonelul Anton Costiescu a acționat pentru a constitui o Mare Lojă în România. La 1 mai 1879, a fost promulgată Constituția Masonică Română, înființându-se în acest fel Marele Orient al României ca „Putere Suverană naţională şi independentă”. Mare Maestru a fost numit Theodor Rosetti, iar Mare maestru adjunct generalul Carol Davilla. Marele Orient a funcționat între 7 mai 1879 și 15 decembrie 1880.
Sub regele Carol I, nu mai puțin de 12 din cei 19 prim-miniștri au fost masoni, ca și foarte numeroși alți oameni politici. În acest context, francmasoneria română a putut sa treacă definitiv de la stadiul fărâmițării în obediențe străine, la cel de Mare Lojă Națională – Putere unică și suverană. Fondarea Marii Loji Naționale Române a avut loc la 8/20 septembrie 1880, cu aportul Fraților din Lojile Steaua Dunării, Ilovul și Capitulul Steaua Dunării. Căpitanul Constantin Moroiu a fost ales Mare Maestru. În 1881, tot el fonda Supremul Consiliu de Rit Antic Primitiv de Memphis și Supremul Consiliu pentru România, iar la 22 noiembrie 1882, Marele Capitul Royal Arch. Supremul Consiliu de grad 33 s-a constituit în anul 1881, grație concursului dat de Marele Orient Italian din Neapole și menționat în acest fel la 1 august 1881 în presa masonică internațională.
Constantin Moroiu a urmărit păstrarea suveranității și unității masoneriei române, drept pentru care a fost adoptată o singură Constituție pentru întregul Ordin Masonic, care îngloba Marea Lojă și Riturile cu atelierele de perfecție din subordinea lor. Redactarea Constituției (320 de articole) a fost finalizată la 5/17 noiembrie 1880, fiind publicată la București în 1881. Toate atelierele masonice ale Ordinului Masonic Român, atât cele albastre cât și cele ale gradelor înalte, erau „legate între ele prin o autoritate centrală” denumită Marea Lojă Națională Română. Se preciza că M.L.N.R. se punea „sub scutul și protecția Guvernului român și a legilor țării”.
Constituția prevedea că M.L.N.R., ca unică putere masonică regulară avea ca arie de jurisdicție întreg teritoriul Vechiului Regat al României. În ierarhia M.L.N.R. exista un cumul de demnități, Marele Maestru fiind în același timp și Suveran Mare Comandor, iar Marea Lojă dirija „afacerile tuturor riturilor”. În anul 1905, MLNR cuprindea: Supremul Consiliu 33o Român (RSAA), Suveranul Sanctuar Român de Memphis, Sublimul Areopag 30∴, Suveranul Capitul „Steaua Dunării”, Suveranul Capitul „Hiram” și 30 de Loji simbolice, dintre care 9 în afara țării. Până în 1911, Constantin Moroiu a deținut funcțiile de Mare Maestru și Suveran Mare Comandor, apoi a împărțit în două secțiuni Marea Lojă, el păstrând doar funcția de Suveran Pontif pentru România, iar Mare Maestru al MLNR pentru riturile Scoțian, Francez, Royal Arch și Swedenborgin, a fost ales cu unanimitate de voturi, prințul George Bibescu 33o – 90o – 95o.
În România din perioada premergătoare războiului mondial, Francmasoneria se întărise. Dar, din 1913 MLNR va deveni practic inactivă, deşi pentru un timp Moroiu s-a străduit să mențină organizaţia. La începutul Primului Război Mondial în România mai existau doar 4 Loji active, dintre care 3 înfiinţate de Marele Orient al Franței. Doar două din aceste Loji vor supravieţui războiului: Les Disciples de Pythagoras şi Unirea. Situația a devenit critică după moartea primului Mare Maestru al Marii Loji Naționale Române, Constantin Moroiu (27 aprilie 1918). Rivalități personale și dispute interne au provocat mici schisme, situație exploatată de Obediențele germane, franceze și italiene, care și-au creat în România propriile Ateliere. În 1917, Francmasoneria germană a luat măsuri pentru înființarea Lojilor de militare de campanie (Feldloge) în teritoriul ocupat al României. La 14 martie 1917 s-a înființat o Lojă de campanie cu numele distinctiv Carmen Sylva zur Deutschen Treue („Carmen Sylva la Loialitatea Germană”), sub obediența Marii Loji din Berlin. Loja Carmen Sylva a creat în Focșani așa numita Kränzchen (Coroana) / Feldkränzchen, care au funcționat până la începutul verii anului 1918.
Până în anul 1919, masoneria română nu a renăscut, astfel că la Conferința de Pace de la Paris nu a putut fi reprezentată decât prin frați care, acolo și atunci, au fost inițiați în Loja pariziană Ernest Renan, între care Alexandru Vaida-Voevod, Caius Brediceanu și Traian Vuia -18o. Cu acceptul regelui Ferdinand I, devenit Mare Protector, Marea Lojă Națională de Rit Scoțian Antic și Acceptat din România renaște în ianuarie 1923, regulară și suverană, singura care va administra primele 3 grade din masoneria albastră. La 15 aprilie 1934, în mod solemn și oficial s-a constituit Francmasoneria Română Unită, Obediență suverană și perfectă, care înglobează prin federare Marea Lojă Națională din România cu Marele Orient al României (Mare Maestru Em. I. Papiniu), sub Marele Maestru Federal Mihail Sadoveanu, care a dat semnele unui clivaj nedorit.
Datorită radicalizării mișcării antimasonice în țară, ca dovadă a atașamentului faţă de monarhie și la sugestia regelui Carol al II-lea, la 27 februarie 1937 o delegație a Marii Loji Naţionale din Romania condusă de Ioan Pangal a făcut o declarație la Patriarhie privind autodizolvarea. Apoi, la 20 decembrie 1937, regele Carol al II-lea dispune închiderea Lojilor masonice și interzice Francmasoneria în Regatul României. În același an, pentru această decizie, Ioan Pangal a fost radiat din rândul Supremilor mari Comandori de către Conventul Comandorilor Supremelor Consilii. În continuare, a s-a produs radicalizarea mișcării antimasonice în România, au fost confiscate documentele și s-au organizat expoziții antimasonice.
După 23 august 1944, Constantin Bellu, Mihail Noradunghian, George Grigoriu, Paul Brătășanu și alți francmasoni au început demersurile pentru redeschiderea Marii Loji Naționale. Evenimentul a avut loc în septembrie 1944, iar anul 1945 avea să fie cel în care Supremul mare Consiliu şi Marea Lojă Naţională din România îşi vor relua activitatea în mod oficial, cu acordul autorităților, al Comisiei Aliate de Control şi al Patriarhiei Bisericii Ortodoxe Române.
Cu toate acestea, Francmasoneria s-a dovedit a rămâne un pericol real pentru comuniști. Francmasonii români care au reușit să emigreze au fondat sub obediența Marii Loji a Franței Lojile „România” și „România Unită”, asigurând în acest fel continuitatea Francmasoneriei române la nivelul Lojilor simbolice. Cea mai mare parte a masonilor din „Grupul Pangal” au fondat în 1948, în Franța, Loja „România Liberă” cu nr.717, sub jurisdicția Marii Loji a Franței. În țară au urmat arestări, trimiterea în judecată și condamnarea „lotului Bellu”, un grup format din 17 francmasoni, într-un simulacru de judecată denumit ulterior „procesul francmasonilor”, de către Tribunalul Militar Teritorial București, prin Sentința nr. 1270 din 19 noiembrie 1953.
După căderea regimului comunist, Marea Lojă Națională din România își reaprinde Luminile la Conventul din 24 ianuarie 1993, ținut în sala Oglinzilor din Casa Vernescu, având ca Mare Maestru pe Prea Respectabilul Frate Nicu Filip. A urmat o perioadă de dezvoltare a Francmasoneriei, până în anul 2010 Marea Lojă Națională având ca Mari Maeștri pe Prea Respectabilii Frați Adrian Dohotaru, Sever Frențiu, Vladimir Boantă, Gheorghe Comănescu și Eugen Ovidiu Chirovici.
În perioada 2010-2020, în Marea Lojă Națională din România s-au produs abateri de la principiile fundamentale ale masoneriei, care au determinat constituirea Comisiei Speciale, conform Constituției în vigoare la acea dată. Comisia Specială a organizat în 17 octombrie 2020 Conventul Extraordinar, care l-a ales ca Mare Maestru Pro Tempore pe Prea Respectabilul Frate Manole Iosiper și l-a exclus din masonerie pe Radu Ninel Bălănescu, fostul Mare Maestru.
În Conventul din 17 aprilie 2021, la care au participat reprezentanții a peste 4200 de frați și a peste 230 de Loji Simbolice, a fost adoptată o nouă Constituție, iar în funcția de Mare Maestru al Marii Loji Naționale din România a fost ales Prea Respectabilul Frate George Ivașcu.